在熱消毒過程中，普通的反滲透膜會發(fā)生退水現(xiàn)象，復合膜的基膜和復合膜都會發(fā)生一定范圍分子鏈排列構型的變化（結晶度的提高）。變化的結果是膜的產水量下降，脫鹽率升高，類似于早期醋酸纖維膜的熱處理。美國海德能公司近期推出的熱消毒膜元件在粘結劑的選擇及粘結工藝方面也作了特殊處理，能夠保證在溫度變化時膜元件各部分的膨脹或收縮的整體一致性，膜元件不會發(fā)生開裂和變形。

熱消毒工藝過程：

1. 排放沖冼：排出系統(tǒng)中工作溶液，用反滲透產水對系統(tǒng)進行低壓沖洗。
2. 低壓循環(huán)：保持系統(tǒng)操作壓力小于25PSI，用約45℃的反滲透水循環(huán)保45分鐘。
3. 升溫：在必要時將系統(tǒng)溫度升高到85℃，升溫速度不要超過每分鐘4℃。
4. 保溫：保溫30分鐘便可達到系統(tǒng)*消毒。
5. 冷卻：降低速度不要超過每分鐘7℃。
6. 系統(tǒng)沖洗：用反滲透產水沖洗系統(tǒng)。

由于熱消毒對反滲透膜及水處理系統(tǒng)中各元氣件、供水管路都有嚴格的要求；其運行成本勢必增中。同時，熱消毒過程控制較復雜，尤其是溫度控制方面難于實現(xiàn)。 

目前，因為熱消毒膜還沒有被廣泛采用，所以熱消毒只局限于供水管路方面。德國勞爾公司在加熱升溫系統(tǒng)設計采用了在線過流式加熱系統(tǒng)，實現(xiàn)了對供水管路的熱消毒，但價格十分昂貴。